突如出現したゴジラはAPEX社を襲撃する。一方、髑髏島から保護されたコングは地球中心部の大空洞にひそむ新エネルギー探査のために南極へ輸送されようとしていた。だが洋上のコング輸送船団にゴジラが迫る。。。